Características epidemiológicas y clínicas de los niños con COVID-19 asistidos en un prestador de salud privado de Uruguay / Epidemiological and clinical characteristics of children with COVID-19 cared for in a private health provider in Uruguay

INTRODUCCIÓN: Tras la detección de los primeros casos de SARS-CoV-2 y declararse la emergencia sanitaria en el país, la transmisión comunitaria del virus se mantuvo baja a moderada hasta noviembre de 2020 pasando luego a ser media y alta. Los niños bajo 15 años de edad constituyen el grupo menos afectado. El diagnóstico se confirma mediante RT-qPCR. La utilidad del CT (cycle threshold) es discutida. Objetivo: Describir las características epidemiológicas y clínicas de los niños infectados con SARS-CoV-2 y la relación entre el valor del CT y la presentación clínica. METODOLOGÍA: Se realizó un estudio descriptivo, retrospectivo, en pacientes bajo 16 años de edad con infección por SARS-CoV-2, asistidos en un prestador de salud de Montevideo entre la semana epidemiológica (S.E.) 3 del 2020 y la SE 9 del 2021. Se describieron variables clínicas, noción epidemiológica, gravedad y evolución. Se consignó el valor del CT al diagnóstico y se comparó con la presencia de síntomas. RESULTADOS: Los pacientes bajo 16 años representaron el 16,6% del total de infectados (794 en 4.792). El 70% de los casos ocurrió entre los meses de enero y febrero de 2021. El 67,6% presentó contacto intradomiciliario. La media de edad fue 7,5 ± 4,1 años, 51% de sexo masculino. Presentaron síntomas 55% y fueron asintomáticos 45%; no se observaron diferencias significativas en la media, moda y rango de edades de ambos grupos. Ninguno presentó comorbilidades. En el grupo de los 440 pacientes sintomáticos, 55% presentaron fiebre: 32% asociada con otros síntomas, principalmente respiratorios altos y 23% como único síntoma. El valor de CT se obtuvo en 536 de los 794 pacientes (67,5%). La media de CT fue 29,7 ± 5,8 en el grupo de sintomáticos vs. 31,5 ± 5,7 en asintomáticos (p > 0,05). Se hospitalizaron tres pacientes, ninguno requirió cuidados intensivos ni falleció. CONCLUSIONES: La prevalencia e incidencia de la infección por SARS-CoV-2 en niños acompañan a la de adultos y la mayoría cursó formas leves o asintomáticas, sin complicaciones. En esta serie, el valor de CT no fue diferente en niños sintomáticos y asintomáticos. El contacto estrecho intradomiciliario fue la principal fuente de infección.

BACKGROUND: After the detection of the first cases of SARS-CoV-2 and the declaration of a health emergency in the country, community transmission of the virus remained low to moderate until November 2020, later becoming medium and high. Children under 15 years of age constitute the least affected group. The diagnosis is confirmed by RT-qPCR. The usefulness of the CT (cycle threshold) is discussed. AIM: To describe the epidemiological and clinical characteristics of children infected with SARS-CoV-2 and the relationship between the CT value and clinical presentation. METHOD: A descriptive, retrospective study was carried out in patients under 16 years of age with SARS-CoV-2 infection, assisted by a health provider in Montevideo between epidemiological week (EW) 3 of2020 and EW 9 of2021. Clinical variables, epidemiological notion, severity and evolution were described. The CT value at diagnosis was recorded and compared with the presence of symptoms. RESULTS: Patients under 16 years of age represented 16.6% of the total infected (794 in 4,792). 70% of the cases occurred between the months of January and February 2021. 67.6% presented intradomiciliary contact. The mean age was 7.5 ± 4.1 years, 51% were male. 55% presented symptoms and 45% were asymptomatic; no significant differences were observed in the mean, mode and age range of both groups. None presented comorbidities. In the group of 440 symptomatic patients, 55% presented fever: 32% associated with other symptoms, mainly upper respiratory symptoms, and 23% as the only symptom. The CT value was obtained in 536 of the 794 patients (67.5%). The mean CT was 29.7+5.8 in the symptomatic group vs. 31.5 ± 5.7 in asymptomatic patients (p > 0.05). Three patients were hospitalized, none required intensive care and none died. CONCLUSIONS: The prevalence and incidence of SARS-CoV-2 infection in children accompany that of adults and the majority had mild or asymptomatic forms, without complications. In this series, the CT value was not different in symptomatic and asymptomatic children. Close household contact was the main source of infection.

Transmission cluster of COVID-19 cases from Uruguay: emergence and spreading of a novel SARS-CoV-2 ORF6 deletion

BACKGROUND Evolutionary changes in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) include indels in non-structural, structural, and accessory open reading frames (ORFs) or genes. OBJECTIVES We track indels in accessory ORFs to infer evolutionary gene patterns and epidemiological links between outbreaks. METHODS Genomes from Coronavirus disease 2019 (COVID-19) case-patients were Illumina sequenced using ARTIC_V3. The assembled genomes were analysed to detect substitutions and indels. FINDINGS We reported the emergence and spread of a unique 4-nucleotide deletion in the accessory ORF6, an interesting gene with immune modulation activity. The deletion in ORF6 removes one repeat unit of a two 4-nucleotide repeat, which shows that directly repeated sequences in the SARS-CoV-2 genome are associated with indels, even outside the context of extended repeat regions. The 4-nucleotide deletion produces a frameshifting change that results in a protein with two inserted amino acids, increasing the coding information of this accessory ORF. Epidemiological and genomic data indicate that the deletion variant has a single common ancestor and was initially detected in a health care outbreak and later in other COVID-19 cases, establishing a transmission cluster in the Uruguayan population. MAIN CONCLUSIONS Our findings provide evidence for the origin and spread of deletion variants and emphasise indels' importance in epidemiological studies, including differentiating consecutive outbreaks occurring in the same health facility.

Prevalencia del síndrome metabólico en una población adulta

RESUMEN Objetivo: determinar la prevalencia de síndrome metabólico en la población adulta y su asociación con variables de estilo de vida potencialmente modificables. Métodos: se estimó la prevalencia de síndrome metabólico de acuerdo a la definición del Programa Nacional de Educación en Colesterol (ATP III) de Estados Unidos, entre 1.411 participantes del estudio epidemiológico que se desarrolla desde 1995 en una muestra representativa de los asociados adultos de la institución. Se realizó ajuste por edad y por sexo de acuerdo a la composición de la población uruguaya. Resultados: la prevalencia no ajustada de síndrome metabólico fue 27,7% y la prevalencia ajustada fue 19,7%. En hombres la prevalencia ajustada fue 23,1% y en mujeres 18,1%. La obesidad o el sobrepeso estuvieron presentes en 93% de los portadores de síndrome metabólico. El 75% de quienes presentan la entidad no realizan actividad física regular. La prevalencia de acuerdo al nivel educativo fue 35,9%, 30,6% y 17,9% (p<0,0001) entre quienes tenían <=6 años, 6 a 12 y >12 años de estudio. La prevalencia entre individuos activos fue 25,2%, siendo de 32,3% y de 30,0% en jubilados y en desocupados (p =0,02). Conclusiones: el síndrome metabólico tiene alta prevalencia en la población estudiada, la que es particularmente elevada en los hombres. El sedentarismo, el sobrepeso y la obesidad son altamente prevalentes entre los portadores de esta entidad. Es necesario identificar a los pacientes con síndrome metabólico y optimizar su estilo de vida para prevenir el desarrollo de enfermedad coronaria. Las estrategias para promover el cambio de estilo de vida deben poner especial énfasis en los grupos de mayor prevalencia.

SUMMARY Objective: to determine prevalence of the metabolic syndrome in an adult population and its association with varying lifestyles. Methods: prevalence of the metabolic syndrome was estimated following the National Cholesterol Education Program (ATP III), United States, among 1 411 adult users of a health-center since 1995. Age and sexe adjustments were done according to the Uruguayan population. Results: unadjusted prevalence of the metabolic syndrome was 27,7% and adjusted prevalence was 19,7%. Adjusted prevalence among men was 23,1%, among women, 18,1%. Obesity and overweight were seen in 93% of the metabolic syndrome carriers. Regular physical activity was practiced by 25%. Prevalence according to educational level was 35,9%, 30,6% y 17,9% (p<0,0001) among those with 6 years, 6 to 12 and >12 years of education. Prevalence among active adults was 25,2%, while among retired and unemployed people, 32,3% and 30,0% respectively (p=0,02). Conclusions: prevalence of the metabolic syndrome was high among the studied population, particularly among men. Sedentarism, overweight and obesity are particularly prevalent among metabolic syndrome carriers. Carriers of metabolic syndrome should be identify in order to optimize their lifestyles and consequently to prevent coronary disease.

Acute respiratory infections in children from a derived urban population from Uruguay

Para obter informacao basica sobre a incidencia, duracao, caracteristicas clinicas e etiologia das infeccoes respiratorias agudas (IRA), foram observadas 276 criancas de familias pobres que moram em Montevideo durante 32 meses. A populacao alvo foi dividida em dois grupos para analise dos resultados: Criancas com menos de 12 meses e acima dessa idade. Durante o periodo de seguimento foram registrados 1056 episodios de IRA. A incidencia de IRA foi 5.2 por crianca/ano. Foi 87 por cento mais alta nos lactentes do que nos grupos de mais idade, com duracao maior dos episodios. A maioria das infeccoes foi pouco grave...

Serotipos y susceptibilidad a los antibacterianos de S. pneumoniae aislados de poblaciones infantiles (1987-1990) / Serotypes and susceptibility of the antibacterians of S. pneumoneal isolated from infantile populations (1987-1990)

Cepas de S. pneumoniae aisladas entre 1987 y 1990, de niños con neumonía, otitis media aguda o ambos, de la nasofaringe de pacientes con esas patologías y de controles sanos, fueron tipificadas y estudiada su susceptibilidad a la penicilina y cotrimoxazol. Se determinó la presencia y frecuencia de los 83 serotipos de S. pneumoniae en las cepas invasivas (n= 70), en las que producían infecciones localizadas (n= 12) y en las que colonizaban la orofaringe (n= 98). El serotipo 14 predominó entre las cepas invasivas (34.3 por ciento ). Conjuntamente con los tipos 9V, 1, 3 y 5 constituyeron la mayoría (75.7 por ciento ). En escaso número de pacientes, los serotipos de cepas aisladas de la sangre o de derrame pleural, coincidieron con los resultados de los cultivos de la orofaringe. La resistencia a la penicilina fue baja en el total de cepas tipificadas (4.6 por ciento ) y menor aún en las cepas invasivas (2.6 por ciento ). Sólo 68.7 por ciento de las cepas fueron sensibles al cotrimoxazol. Las cepas resistentes a los fármacos mencionados no se asociaron a ningún serotipo en especial. Se concluye que son pocos los serotipos que se asocian a las neumonías del niño, y que la resistencia a la penicilina, hasta el momento, no constituye una limitación para su uso